Pendant ce temps, sur Utapau, Obi-Wan retrouve la planète en pleine guerre: les natifs de la planète se battent contre les Séparatistes. Obi-Wan arrive avec son chasseur Jedi. Il a une nouvelle unité droïde, R4-G9, dorée.
Tion Medon, grand extra-terrestre et leader des habitants d'Utapau, aide Obi-Wan dans sa recherche et le sauve du danger des Séparatistes à un moment. Les habitants d'Utapau habitent dans des maisons incrustées dans les murs. C'est à cet instant qu'Obi-Wan se retrouve nez à nez à Cody qui prend une posture raide et dit que la cible Obi-Wan Kenobi est engagée. Obi-Wan n'a d'autre choix que de le tuer en le frappant au torse. Il part ensuite seul à la recherche de Grievous, voire même inversement aussi. Le vaisseau du général séparatiste est noir et garde le style assez rond des chasseurs et bombardiers droïdes. Obi-Wan retrouve le général mais celui-ci s'enfuit après avoir été blessé par le sabre-laser du maître Jedi, préfèrant lui laisser affronter ses soldats.
Sur Kashyyyk, les choses se corsent. Les Wookies tombent un à un. Yoda et Chewbacca se battent ensemble. À un moment, Yoda fait diversion et Chewbacca en profite pour assommer les clones. Chewbacca et les Wookies massacrent aussi une bonne partie des clones. Mais la République est trop forte et Yoda et Chewie s'échappent de justesse de la planète, désormais soumise à la République. Les Wookies qui protégeaient le village sont morts, ainsi que leur chef, Tarfull. La Jedi qui était avec Yoda, Luminara Unduli, a périt au combat. Yoda ressent la mort des Jedi. Il décide de partir vers Coruscant où réside le coeur du problème, et se rend à son vaisseau à bord d'un des derniers dragons volants Wookies nommé Can-Cell.